한성백제박물관이 위치한 장소는 원래 소나무가 심어진 낮은 언덕이었다. 건축가는 박물관을 토성 형태로 만들어 원래 장소에 있던 낮은 언덕을 둥글게 둘러싸고, 기존의 낮은 언덕의 높이를 그대로 유지하면서 그 아래 땅속을 비워 박물관의 로비 공간을 만들었다. 이 공간은 바닥이 깊고 기둥이 없는 넓은 공간의 위쪽에서 빛이 새어 들어오는 형태로, 마치 고대 수혈주거의 내부 공간을 떠오르게 한다. 또한 건축가는 옛 토성의 특성을 살려 박물관의 지붕으로 사람들이 산책하며 오르내릴 수 있도록 경사진 형태로 지붕을 설계했다. 박물관 지붕을 따라 걷는 산책길은 올림픽공원의 산책로와 연결되어 있어 박물관이 자연스럽게 공원의 일부가 되고, 산책로를 따라 지붕의 가장 높은 곳에 오르면 눈앞으로 고대 한성백제 시대의 몽촌토성이 마주 보인다.